銀杏類起源于石炭紀（3.45億年）、銀杏目起源于二疊紀（2．5億年）以前，銀杏屬則起源于1．9億年前的侏羅紀早期。現存的銀杏其歷史可追溯到7000萬年以前的古新世（第三紀早期）。到了白堊紀后期及新生代第三紀銀杏逐漸由盛變衰，第四紀冰川之后，在中歐及北美等地的銀杏全部滅絕，只在我國保存一種。銀杏的價值不僅在于它能跨越“有史時期”而生存下來，更重要的是它能在這漫長的“地質時期”保持該物種的遺傳穩定。